私は既に手遅れなので今更なのですが、MT（MovableType）のカスタマイズの際の「手順（主としてバック・アップ）」として、これは守っておいた方が良さそうです、というのを自分の反省も込めて書いてみます。
ちなみに、これは主として標準テンプレート・ベースのMTカスタマイズに関してのものかとも思います。
オリジナル・テンプレートは別の手順というか設計思想が必要になるかと思います。
出来るだけ手「順」になるように書こうとしたのですが、どういうカスタマイズをしていくのか、によって手順も分岐するので、必要な部分だけ拾って下さい。
１）MTのデフォルト標準テンプレートのバック・アップ
万が一の場合でも、デフォルト状態に戻せれば、取り敢えずなんとかなります。
ただエントリー・アーカイブのマッピングをオリジナルにしている場合（例：MTアーカイブ・マッピングの設定1）、エントリーの仕向け先がなくなっている関係で、一時的にとは言え、エントリーがヒッチャカになる可能性があります（＾＾；
後でアーカイブ･マッピングやカテゴリーを再設定して、エントリーの仕向け等が要望通りになるようにする必要があります。
２）カスタマイズ前のエントリーのアーカイブ・マッピング方法、カテゴリーのメモ
これは、（１）のような事態になった時に必要になります。
アーカイブ・マッピングはSEO効果等が期待出来る一方で、バック・アップや復旧の際には手がかかります。
ただ、それでもMTのアーカイブ・マッピングをお薦めするのは、MTをCMS的に使用してサイトを構築し、その後、完全に静的なHPとして継続的に公開する、なども考えられるからです。
３）カスタマイズ箇所はコメント・アウト、コメント挿入をしてバック・アップする
私は、特にHTMLカスタマイズに関して、ココを少し疎かにしてしまった点を後悔してます。
勿論、カスタマイズの過程で十分な理解度も得ていれば問題ないのですが、私の場合だと、試行錯誤しているうちに上手くいった、というケースもあるので、後々のことを考えると、「メモ（コメント・アウト、コメント）」として残しておくべきだったかな？と思っています。
逆に、なぜにコメント・アウト、コメント挿入を疎かにしがちだったか？というと、二つの理由があります。
一つは、コメント・アウトした（MT）タグ部分というのは、ブラウザ上は表示されなくても、（HTMLなどの）ソースとしては残ってしまうので、これがページを重くしたり、SEO的にマイナスに働く可能性があったり（プラスに働く可能性もあるのですが）、ということからスッキリさせたい、というもの。
もう一つはどーでもよくて、コメント・アウトやコメント入りのソース自体が鬱陶しく感じたから、です。ｗ
回避方法としては、手間は掛かるのですが、コメント・アウト＆コメント挿入版をバック・アップしておき、テンプレートとして実際に適用する際に外す、というのが良いかと思います。
いつでも前の状態に戻せる、というのは、色々な意味で保険になりますから・・・（←保険未加入）
４）WidgetManager使用の際には「Widget名」をバック・アップする
これは、意外と重要です。
というのも、MTの再インストール後などにテンプレートを適用する際、WidgetManagerを利用したテンプレート記載のWidgetが見つからないとエラーを起こし、再構築などが出来なくなるからです（なりました ｗ）。
WidgetManagerは非常に便利なツールですが、少なくともテンプレートの転用を考えた場合は、レイアウト設計の補助具という位置付けにすべきだと思います。
二度手間のようですが、WidgetManagerでレイアウトを整えた後、Widgetの位置に各Widgetで使用したモジュールのソースを記載していけばWidgetを使用したときと同じレイアウトを得られます。
これは、私の今後の課題です。
５）WidgetManager使用の際の「モジュール」をバック･アップする
（４）で書いたことを逆に考えると、WidgetManagerで使用した「モジュール」のソースがあれば、WidgetManagerなしでカスタマイズが容易に出来る、ということでもあります。
これも、私はバック・アップをとっているだけの状況ではありますが、今後、他のサイト作成の際に利用できることを楽しみに期待してたりします。
６）アーカイブ毎の「ページ」をバック･アップする
アーカイブ毎のページを、そのままバック・アップ（ダウン・ロード）して保存しておくと、後で類似レイアウトを作るときの参考になります。
ソースだけで頭に実際のページのイメージが浮かぶようなら問題ないでしょうが、初心者にはキツイですからね（＾＾；
他にも、いくつかテンプレート適用や再インストールの際に必要な情報はありますが、取り敢えず、上記の辺りを押さえておけば、復旧作業は相当に容易になると思います。