MT（MovableType）の標準テンプレートは2カラム右サイドバーです。
色々なサイトを拝見したり、自分でも実験してみたのですが、このレイアウトはベーシックだし見易いな、というのが個人的な感想です。
勿論、サイトの目的やカテゴリーなどなどによっては「2カラム右サイドバー」だけ、というのはどうにかしたい、というケースも出てくるでしょう。
MT標準のHTMLテンプレートとしては、（１）メイン･ページ（２）アーカイブ・ページ（３）日付ページ（４）カテゴリー・ページ（５）エントリー・ページの5種類が用意されてます。
私は、基本的にはこれに準じて、他、個別に作る必要があるもの（リンク集とか）はエントリー・ページとしてアップする簡易な方法の他、MTで使っているレイアウトを借りて別に作るくらいで十分かと思います。
まずソレゾレのテンプレートに自分が（直）訪問した時のことを考えると・・・
（１）メイン･ページ：このサイトって、どんなサイトなんだろう？テーマとかあるのかな？
（２）アーカイブ・ページ：エントリー名がズラ～ッと並んで松ナ
（３）日付ページ：エントリーされた順に読んでみるかな～♪
（４）カテゴリー・ページ：このテーマ（カテゴリー）、興味ある（ない）んだよな～♪
（５）エントリー・ページ：フムフム・・・勉強になるぜぃ
てな感じでしょうか？
要するにメイン・ページではサイトの全体概要、アーカイブ・ページでエントリー記事の全体確認、日付＆カテゴリー・ページではそれぞれに即した記事確認、エントリー・ページでは個々のエントリー内容の確認・・・という感じですね。
とすると、自分が来訪することを前提にした場合は、こんな感じで作ってみたいな、と思うです。
（１）メイン･ページ：３カラムでサイドバーには小見出し系案内、メイン・スペースで概要案内
（２）アーカイブ・ページ：1カラムでスッキリと見れる、要するにサイトマップ的なの
（３）日付ページ：日にち順のエントリー概要が分かるようなので、各月にも飛べる2カラム
（４）カテゴリー・ページ：テーマ（カテゴリー）毎のエントリー概要が分かるようなので、各カテゴリーにも飛べる2カラム
（５）エントリー・ページ：フムフム・・・エントリーを読むのに邪魔にならないようなスッキリ1カラム
日付ページを2カラム左サイドバーにしたのにも理由があって、左サイドバーと併せながら、時系列のエントリー確認をし易いかな？というとこです。カテゴリー・ページよりも「ザ～ッと見渡す」んですよね（私の場合だと）。
カテゴリー・ページだと、自分が興味あるカテゴリーだと、少しジックリ見るので同じ2カラムでも右サイドバーの方が良いかな？と。
で、そんなこんなを考えながら当てはめてたら、MTに標準で用意されている（？）カラム・レイアウトを全部使用することに（モブログとかの系統は別ですが ＾＾；）。ｗｗｗ
勿論、初期設定のままカラム・レイアウトだけ変えるのでもいいかと思うのですが、私の場合はエントリー題名だけにするとか、概要も一緒に引っ張ってくるとかというのとも組み合わせて「狙い」通りのページ・レイアウトにするよう、コチョコチョやってますです、はい。
この辺は、ユーザビリティとSEO的な面との兼ね合いを探ることになるのかなぁ・・・？
記事がズラ～ッと並んでいると、結構、読み込みに時間がかかるみたいなんですよね。
というのも、記事のみなら大したデータ量・処理量でもないと思うんですが、やはりアド（広告）系やアフィリエイト系が混じっていると・・・
アフィリエイト・サイトの月別とかカテゴリー別とかに（間違って）行っちゃって、激重・撃沈って経験、ありません？（＾＾；
（特に初期設定の月別で激重になっていることが意外と多いような気が・・・）
ああいうのを経験することが頻繁になると、各々のページ自体はサクリと動くように心掛けた方が・・・と思っちゃうんですよね。
この辺はMTのダイナミック・パブリッシング機能のことでも考えたんですが。
結局は、どこかに負荷は掛かるわけで、その負荷の軽減＆分散の問題なのかな？
MTのカラム・カスタマイズをしながら、そんなことも考えてました。
そこで（どこで？ｗ）各テンプレート毎のカスタマイズについても書いてみようと思います。